Trakų seniūnija yra suskirstyta į seniūnaitijas:

1. Babriškių seniūnaitija: Babriškių, Žukiškių, Miškinių, Peleniškių, Mikniškių, Maušiškių, Skynimų, Paežerėlių k.
2. Bagdononių seniūnaitija: Bagdononių, Burokų, Vilkokšnės, Žežulės, Grinapolio, Miglinų, Aukšlinės, Štareinės, Statkonių, Daugirdiškių, Subartėnų, Prūdžionių, Monių, Kapciškių, Paungurių, Radiliškių, Strėvos, Kozelkiškių, Užilgių k.
3. Bražuolės seniūnaitija: Bražuolės, Akmenos,  Dobilių, Gratiškių, Juozapiškių, Leitiškių, Maidonių, Meiriškių, Miciūnų,  Naujasodžio I, Padumblės,  Strazdiškių K.
4. Jovariškių seniūnaitija: Jovariškių, Dainavėlės, Paguliankos, Varatniškių, Jogėliškių, Plomėnų, Kunigaikštinės, Dubninkų, Panevėžės, Kudrionių, Kudrionių Girios, Daniliškių, Norkų k.
5. Markutiškių seniūnaitija: Markutiškių, Barčių, Stanislaviškių, Penkininkų, Skersabalės, Žerebėnų, Markininkų, Malūnių, Vainių k.
6. Padvarionių seniūnaitija: Padvarionių, Salkininkų, Glitų, Gojaus, Glitėniškių, Naujasodžio II, Pamonaičių, Kirmėliškių, Petkėniškių, Dubuklės, Alsakių, Alsakėlių, Glitų, Seimėnų, Padumblės, Meiluškių, Lebedžių, Liūnų, Katišiaus k.
7. Varnikų seniūnaitija: Varnikų, Žydiškių k., Žemaitės g.
8. Žaizdrių seniūnaitija: Žaizdrių, Užpelkių, Veličkavos, Būklių k.
9. Užugirio Būdos, Būdos I, Būdos III, Senosios Būdos, Čiukiškių, Ignalinos, Miškežerio, Padvariškių, Paraisčių, Pauliškių, Raudonės I, Raudonės II, Raudoniškių k., Šulininkų, Totoriškių, Užugirio, Burbiškių, Užutrakio k.

Trakų miestas:

10. Trakų miesto naujasodžio seniūnaitija;
11. Trakų miesto pietinė seniūnaitija;
12. Trakų miesto šiaurinė seniūnaitija;